基于蟻群算法的生物雙序列比對(duì)并行化方案
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標(biāo)簽：蟻群算法(13157)并行化(2835)
生物序列比對(duì)是生物信息領(lǐng)域的重要課題，比對(duì)結(jié)果的合理性和正確性關(guān)系到基于比對(duì)結(jié)果研究的正確性。在保證正確性的前提下利用并行計(jì)算充分挖掘計(jì)算潛力對(duì)提高比對(duì)效率有重要意義。針對(duì)雙序列的全局比對(duì)問(wèn)題，提出了基于蟻群算法的雙序列比對(duì)并行化方案。對(duì)耗時(shí)最多的搜索比對(duì)路徑和信息素更新兩個(gè)步驟給出了基于共享內(nèi)存模型的并行化方法。“天河二號(hào)”上OpenMP實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，8線程并行情況下，加速比可達(dá)5. 03，且序列越長(zhǎng)性能越高。
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