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使用機(jī)器學(xué)習(xí)估算COVID-19的季節(jié)周期

倩倩 ? 來源:新經(jīng)網(wǎng) ? 2020-07-07 16:51 ? 次閱讀
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關(guān)于COVID-19的許多未解決的科學(xué)問題之一是,它是否像流感一樣在季節(jié)性下發(fā)生-在溫暖的夏季逐漸減弱,然后在秋季和冬季恢復(fù)?,F(xiàn)在,勞倫斯·伯克利國家實(shí)驗(yàn)室(伯克利實(shí)驗(yàn)室)的科學(xué)家正在啟動一個項(xiàng)目,該項(xiàng)目將機(jī)器學(xué)習(xí)方法應(yīng)用于大量健康和環(huán)境數(shù)據(jù)集,并結(jié)合高分辨率氣候模型和季節(jié)預(yù)報來找出答案。

“環(huán)境變量,例如溫度,濕度和紫外線(紫外線)暴露,在生存能力方面可以直接影響病毒。它們還可以影響病毒的傳播和氣溶膠的形成,”他說。伯克利實(shí)驗(yàn)室科學(xué)家Eoin Brodie,項(xiàng)目負(fù)責(zé)人?!拔覀儗⑹褂米钕冗M(jìn)的機(jī)器學(xué)習(xí)方法,將社會因素和環(huán)境因素的貢獻(xiàn)區(qū)分開來,試圖確定那些疾病動態(tài)最敏感的環(huán)境變量?!?/p>

研究團(tuán)隊將利用縣級的大量健康數(shù)據(jù),例如COVID-19暴發(fā)的嚴(yán)重程度,分布和持續(xù)時間,以及何時實(shí)施的公共衛(wèi)生干預(yù)措施以及人口統(tǒng)計,氣候變化和天氣因素,以及借助智能手機(jī)數(shù)據(jù),人口流動動態(tài)。該研究的最初目標(biāo)是針對美國每個縣預(yù)測環(huán)境因素如何影響SARS-CoV-2病毒的傳播,該病毒會導(dǎo)致COVID-19。

多學(xué)科團(tuán)隊解決復(fù)雜問題

將環(huán)境因素與社會和健康因素區(qū)分開來是一個棘手的問題,其中涉及許多變量,它們以不同的方式相互作用。最重要的是,氣候和天氣不僅影響病毒,還影響人類的生理和行為。例如,取決于天氣,人們可能會在室內(nèi)花更多或更少的時間。而且它們的免疫系統(tǒng)也會隨著季節(jié)而變化。

這是一個復(fù)雜的數(shù)據(jù)問題,與伯克利實(shí)驗(yàn)室的研究人員研究流域和農(nóng)業(yè)等系統(tǒng)時所解決的問題類似。挑戰(zhàn)涉及跨尺度集成數(shù)據(jù)以在本地進(jìn)行預(yù)測。布羅迪說:“降低氣候信息的規(guī)模是我們通常要做的,以了解氣候如何影響生態(tài)系統(tǒng)過程?!?“它涉及相同類型的變量-溫度,濕度,太陽輻射。”

伯克利實(shí)驗(yàn)室氣候與生態(tài)系統(tǒng)科學(xué)部副主任布羅迪(Brodie)領(lǐng)導(dǎo)著一支由科學(xué)家組成的跨學(xué)科團(tuán)隊,他們在氣候建模,數(shù)據(jù)分析,機(jī)器學(xué)習(xí)和地理空間分析方面擁有專業(yè)知識。伯克利實(shí)驗(yàn)室生物科學(xué)領(lǐng)域的計算生物學(xué)家本·布朗(Ben Brown)正在領(lǐng)導(dǎo)機(jī)器學(xué)習(xí)分析。他們的主要目標(biāo)之一是了解氣候和天氣如何與社會因素相互作用。

布朗說:“我們并不一定期望氣候本身會造成巨大的影響或主導(dǎo)作用。這并不會勝過哪個城市何時關(guān)閉?!?“但是,[變量之間]可能存在一些真正重要的相互作用。例如,以紐約和加利福尼亞為例,即使考慮到國家采取干預(yù)措施的時機(jī)之間的差異,紐約的死亡率也可能比美國高出四倍。在加利福尼亞州,盡管需要確定一些隨機(jī)樣本進(jìn)行額外的測試。了解環(huán)境的相互作用可能有助于解釋為什么這些模式似乎正在出現(xiàn)。這是機(jī)器學(xué)習(xí)和AI人工智能)的典型問題。”

計算工作將在國家能源研究科學(xué)計算中心(NERSC)進(jìn)行,該中心是位于伯克利實(shí)驗(yàn)室的DOE科學(xué)辦公室用戶設(shè)施。

氣候影響的跡象

研究人員指出,已經(jīng)報道了該疾病行為的地理差異。在統(tǒng)計上,溫度,濕度和紫外線指數(shù)均與COVID-19的傳播速率相關(guān),盡管接觸率仍然是疾病傳播的主要影響因素。在南半球,例如,當(dāng)它目前下跌,疾病的傳播已經(jīng)比北半球慢。布羅迪說:“與此相關(guān)的還有其他潛在因素?!?“問題是,當(dāng)南半球進(jìn)入冬季時,傳輸率會上升嗎?或者在秋天和2020年冬季導(dǎo)致在沒有干預(yù)的情況下在整個美國復(fù)蘇?”

印度是COVID-19似乎還沒有致命的地方。布朗說:“有些城市表現(xiàn)得好像是有史以來最傳染病。然后有些城市表現(xiàn)得更像流感?!?“了解為什么我們看到這些巨大差異真的很關(guān)鍵?!?/p>

布朗指出,其他實(shí)驗(yàn)表明SARS-CoV-2病毒可能是季節(jié)性的。國家生物防御分析和對策中心(NBACC)特別評估了該病毒在各種表面上的壽命。布朗說:“在陽光和潮濕條件下,他們發(fā)現(xiàn)該病毒在60分鐘內(nèi)喪失了生存能力?!?“但是在黑暗和低溫下,它可以穩(wěn)定八天。有一些非常嚴(yán)重的差異需要調(diào)查?!?/p>

伯克利實(shí)驗(yàn)室小組認(rèn)為,現(xiàn)在可以提供足夠的數(shù)據(jù)來確定哪些環(huán)境因素可能會影響病毒的毒性。布朗說:“現(xiàn)在我們應(yīng)該有來自世界各地的足夠數(shù)據(jù)來真正進(jìn)行評估?!?/p>

團(tuán)隊希望在夏末或初秋之前提供分析的第一階段。下一階段將是在不同情況下進(jìn)行預(yù)測,這將有助于公共衛(wèi)生決策。

“我們將使用模型來預(yù)測不同國家的天氣情況,不同的健康干預(yù)情況,例如持續(xù)的社會距離或是否在該國不同地區(qū)進(jìn)行疫苗接種或某種程度的畜群免疫。例如,我們希望成為可以說,如果您的孩子在這種環(huán)境下重返校園,那么該地區(qū)的氣候和天氣將以這種程度影響潛在的傳播?!?“這將是我們要完成的一項(xiàng)長期任務(wù)?!?/p>

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