美國麻省理工學(xué)院、哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬麻省總醫(yī)院和密歇根大學(xué)的科研人員開發(fā)出了一種機器學(xué)習(xí)算法可有效發(fā)現(xiàn)艱難梭菌感染,相比傳統(tǒng)方法可較早實現(xiàn)診斷。
每年都有近3萬美國人死于一種名為艱難梭菌(Clostridium difficile)的侵襲性腸道感染細菌。這種細菌對許多常用抗生素具有抗藥性,即使在能夠殺死通??煽刂谱∵@種細菌的有益細菌的抗生素治療中,這種細菌仍然能夠繁殖。麻省理工學(xué)院(MIT)計算機科學(xué)與人工智能實驗室(Computer Science and Artificial IntelligenceLaboratory,CSAIL)、麻省總醫(yī)院(Massachusetts GeneralHospital,MGH)和密歇根大學(xué)(University of Michigan,U-M)的科研人員現(xiàn)在已開發(fā)出研究型“機器學(xué)習(xí)”模型。這些模型專為各大機構(gòu)量身定制,可比使用當(dāng)前診斷方法更早地預(yù)測出患者感染艱難梭菌的可能性。
“盡管在預(yù)防艱難梭菌感染和確診后及早開始治療方面投入了大量精力,感染率仍在繼續(xù)上升,”麻省總醫(yī)院感染內(nèi)科醫(yī)學(xué)博士、研究共同第一作者兼哈佛醫(yī)學(xué)院(Harvard Medical School)醫(yī)學(xué)助理教授埃麗卡·謝諾伊(EricaShenoy)說道?!拔覀冃枰玫墓ぞ邅韼椭R別具有最高風(fēng)險的患者,以便有針對性地進行預(yù)防和治療干預(yù),從而減少進一步傳播并改善患者治療效果?!?/p>
作者們指出,之前的大部分艱難梭菌感染風(fēng)險模型都設(shè)計為“一刀切”方法,并且僅包含幾個風(fēng)險因素,因而用處有限。共同第一作者兼麻省理工學(xué)院計算機科學(xué)與人工智能實驗室外科學(xué)碩士瑪吉·馬卡爾(Maggie Makar)和密歇根大學(xué)計算機科學(xué)與工程專業(yè)研究生杰雷爾·歐(Jeeheh Oh)及其同事采用“大數(shù)據(jù)”方法分析了完整的電子健康檔案(Electronic Health Record,HER),以此預(yù)測患者在住院期間感染艱難梭菌的風(fēng)險。他們的方法允許開發(fā)機構(gòu)特定模型,可適應(yīng)不同的患者人群、不同的電子健康檔案系統(tǒng)和特定于各家機構(gòu)的因素。
“如果僅將數(shù)據(jù)注入一刀切模型中,患者人群、醫(yī)院布局、檢驗和治療方案,甚或醫(yī)務(wù)人員與電子健康檔案之間交互方式的機構(gòu)差異都可能會導(dǎo)致基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分布出現(xiàn)不同,并可能最終導(dǎo)致此類模型的表現(xiàn)差強人意,”密歇根大學(xué)計算機科學(xué)與工程助理教授兼研究共同第一作者詹娜·威恩斯(Jenna Wiens)博士說道?!盀榱司徍瓦@些問題,我們采用醫(yī)院特定方法,訓(xùn)練為每家機構(gòu)量身定制的模型?!?/p>
科研人員借助其基于機器學(xué)習(xí)技術(shù)的模型,分別以兩年和六年為期限,對在麻省總醫(yī)院或密歇根大學(xué)醫(yī)院(Michigan Medicine,密歇根大學(xué)學(xué)術(shù)醫(yī)學(xué)中心)入院的257,000名患者的電子健康檔案中去除了身份識別信息的數(shù)據(jù)進行分析。這些數(shù)據(jù)包括每名患者的人口統(tǒng)計數(shù)據(jù)和病史、其入院細節(jié)和每日住院情況,以及患者被艱難梭菌感染的可能性。該模型針對每名患者生成每日風(fēng)險評分,當(dāng)超過設(shè)定閾值時,患者會被歸類為高風(fēng)險患者。
整體而言,這些模型在預(yù)測最終會被診斷為感染了艱難梭菌的患者方面非常成功。在采集診斷樣本前至少五天,這些模型就已經(jīng)對其中半數(shù)感染患者進行了準確預(yù)測,這樣一來,可集中對具有較高風(fēng)險的患者進行靶向抗菌干預(yù)。如果在前瞻性研究中得到證實,風(fēng)險預(yù)測評分可為艱難梭菌的早期篩查提供指導(dǎo)。對于在病程早期確診的患者,啟動治療可抑制疾病嚴重程度加深,且確診的艱難梭菌感染患者可得到隔離并能啟動接觸預(yù)防措施來防止感染向其他患者傳播。
研究團隊已在網(wǎng)上免費提供算法代碼(https://gitlab.eecs.umich.edu/jeeheh/ICHE2018_CDIRiskPrediction),以供其他人查看及針對各自所在機構(gòu)修改。謝諾伊指出,探索將類似算法應(yīng)用于所在機構(gòu)的醫(yī)療設(shè)施需要召集合適的本地主題專家并驗證相關(guān)模型在其機構(gòu)中的表現(xiàn)。
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機器學(xué)習(xí)
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原文標(biāo)題:機器學(xué)習(xí)算法可有效發(fā)現(xiàn)艱難梭菌感染
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